Кофеин снижает риск развития болезни Паркинсона , болезни Альцгеймера , цирроза печени и подагры.Как кофеин, так и кофе без кофеина связаны с более низким риском развития диабета 2 типа.
Хотя в ряде исследований потребление кофе связывалось с увеличением или уменьшением риска развития различных видов рака, окончательные данные отсутствуют.
Исследователи из Бразилии обнаружили, что крепкий черный кофе убивает бактерии на зубах, которые способствуют кариесу. Однако, добавление молока или сахара в кофе сводит это преимущество на нет. Кофе также может защитить от заболеваний пародонта.